石磨面粉機每次加工完之后，操作人員應對整機進行認真細致地清洗，特別是錐篩和平篩的篩網必須清理干凈，以免因篩孔堵塞而降低篩分效率，影響產品品質。當石磨面粉機使用一段時間之后，在一些角落常常會積攢一些麥粒和一些面粉等，如果長時間清理不當，就會與灰塵混雜在一起，不能再食用，要是散落到潮濕的地方，特別容易引起小麥發霉，產生異味。

    一些很狹窄的地方也是特別容易散落灰塵的，極其難打掃。在一些很狹窄的地方建議先用小刷子一點點清理出來，嚴禁用手打掃，以免受傷。要是小刷子也不能清理，就只能拆卸設備。當下市場上出售的石磨面粉機，因為生產性，都會有遺漏麥粒的現象，是正常的，只要用戶把后期的清理工作做到位便可。